Ruang lingkup IAKN Kupang telah termaktub dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 24 Tahun 2020 Tentang Organisasi dan Tata Kerja IAKN Kupang. Serta Peraturan Menteri Agama Nomor 37 Tahun 2020 Tentang Statuta IAKN Kupang.
IAKN Kupang adalah perguruan tinggi keagamaan yang diselenggarakan oleh Kementerian Agama, berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Agama. IAKN Kupang mempunyai tugas menyelenggarakan program pendidikan akademik, penelitian, dan pengabidan pada masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi, keagamaan Kristen, sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.
Dalam melaksanakan tugasnya, IAKN Kupang menyelenggarakan fungsi:
- Perumusan dan penetapan visi, misi, kebijakan, dan perencanaan program:
- Penyelenggaraan dan pelaksanaan pendidikan akademik, penelitian, dan pengabidan pada masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi, keagamaan Kristen.
- Pelaksanaan pembinaan sivitas akademika; dan
- Pelaksanaan administrasi, evaluasi, dan pelaporan.
Organisasi Perguruan Tinggi (Institut) terdiri dari Organ Pengelola, Organ Pertimbangan, dan Organ Pengawasan. Adapun Organ Pengelola IAKN Kupang terdiri atas:
- Rektor dan Wakil Rektor;
- Fakultas;
- Pascasarjana;
- Biro;
- Lembaga; dan
- Unit Pelaksana Teknis.