Dalam upaya melaksanakan, mengembangkan dan meningkatkan kualitas pendidikan melalui Pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi, Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) Kupang menjalin berbagai kerjasama baik dalam Negeri maupun Luar Negeri.
1. Kerjasama STAKN Kupang – Universitas Pendidikan Ganesha Singaraja
Perjanjian kerjasama ini diresmikan melalui surat Kesepakatan Bersama Nomor: B-922/stk.07/1b/pp.00.9/2/2018 dan Nomor : 633/UN48/KS/2018 yang ditandatangani Oleh Ketua STAKN Kupang Dr. Harun Y. Natonis, S.Pd., M.Si sebagai Pihak Pertama dan Rektor UNDIKSHA Singaraja Dr. I Nyoman Jampel, M.Pd sebagai Pihak Kedua pada Selasa,6 Februari 2018.
2. Kerjasama Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Kupang – Sekolah Tinggi theologia Abdiel Ungaran
Memorandum of Understanding Sekolah Tinggi theologia Abdiel Ungaran Dan Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Kupang dimulai pada tahun 2018 mencakup kesepakatan timbal balik dalam hal, Pertukaran Mahasiswa Program Strata Satu, Mahasiswa Magister dan Dosen, Pertukaran Bahan-bahan Materi Pembelajaran dan Informasi-informasi lain, Aktifitas-aktifitas bersama dalam Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat dan Partisipasi dalam Program-program Akademik jangka Pendek.
3. Kerjasama STAKN Kupang – Institut Wesley Jakarta
Perjanjian kerjasama ini diresmikan dengan ditandatanganinya surat Kesepakatan Kerjasama oleh Ketua STAKN Kupang Dr. Harun Y. Natonis, S.Pd., M.Si dan Purek I Institit Weslay Jakarta Dr. Kornelius Siagian, M.Th, pada tanggal 17 Oktober 2016.
4. Kerjasama STAKN Kupang – Seoul Jangsin University – Korea
Kerjasama ini diresmikan melalui surat Memorandum Of Understanding Between The State Christian College Of Kupang and Seoul Jangsin university, Korea tanggal 1 Juni 2016 dan ditandatangani Oleh Ketua STAKN Kupang Harun Y. Natonis, S.Pd., M.Si dan Rektor Seoul Jangsin university Rev. Dr. Ahn, Joo-Hoon.
5. Kerjasama STAKN Kupang – Lembaga pemasyarakatan Kelas II A Kupang
Kerjasama ini diresmikan melalui surat Perjanjian Kerjasama Nomor: stk.07/1/KS.01.1/472/2016 dan Nomor: W22.EA.UM.01.01.091 yang ditandatangani oleh Harun Y. Natonis, S.Pd, M.Si sebagai Pihak Pertama , Drs. Soeprapto, Bc.IP.MM sebagai Pihak Kedua dan Rochadi Iman Santoso, S.H,.M.M selaku kakanwil Kemenkuham NTT.
6. Kerjasama STAKN Kupang – Sekolah Tinggi Teologi Cipanas
Senin, 13 Juli 2015 bertempat di Kupang, sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) Kupang menjalin kerja sama dengan Sekolah Tinggi Teologi Cipanas. Perjanjian kerja sama ini diresmikan melalui surat Perjanjian Kerjasama yang ditandatangani oleh Ketua STAKN Kupang Harun Y. Natonis sebagai Pihak Pertama dan Ketua STT Cipanas Pdt. Dr. Agus Santoso sebagai Pihak Kedua.
7. Kerjasama STAKN Kupang – Universitas Tribuana Kalabahi
Kerjasama ini diresmikan dengan surat Perjanjian Kerjasama Nomor : Stk.07/1b/Ks.01.1/1837/2015 dan Nomor: 002/Pem.3/UNTRIB/2015 yang ditandatangani oleh Ketua STAKN Kupang Harun Y. Natonis, S.Pd., M.Si dan Rektor Universitas Tribuana Kalabahi Fredik Abia Kande, S.Pd.,M.Pd tanggal 26 Juni 2015.
8. Kerjasama STAKN Kupang – Hansei University – Korea
Rabu, 04 Februari 2015 bertempat di Balikpapan, Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) Kupang menjalin kerjasama dengan Hansei University Korea. Kerjasama ini diresmikan dengan penandatanganan Memorandum Of Understanding (MOU) oleh Dr. Kim Sunghae Cho selaku Rektor Hansei university, Harun Y. Natonis, S.Pd., M.Si selaku Ketua STAKN Kupang dan mengetahui Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama Republik Indonesia Oditha R. Hutabarat, M. Th.
9. Kerjasama STAKN Kupang – UNWIRA Kupang
Perjanjian Kerjasama ini diresmikan dengan penandatanganan Naskah Perjanjian Kerjasama Nomor : Stk.07/1b/KS.01.1/1300/2014 dan Nomor: 18/WM.H/G/2014 tanggal 3 September 2014 oleh Ketua STAKN Kupang, Harun Y. Natonis, S.Pd., M.Si dan Rektor Universitas Katolik Widya Mandira (UNWIRA) P. Yulius Yasinto, SVD, M. A. M.Sc.
10. Kerjasama STAKN Kupang – Universitas Muhammadiyah Kupang
Kerjasama ini diresmikan dengan Naskah Perjanjian Kerjasama Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Kupang (STAKN) Kupang Nomor: Stk.07/1b/KS.01.1/1300/2014 dengan Universitas Muhammadiyah Kupang Nomor : 269/II.3.AU/D/2014 tanggal 30 Agustus 2014.
11. Kerjasama STAKN Kupang – Pemerintah Daerah Kabupaten Alor
Kerjasama Sekolah Tinggi Agama Negeri (STAKN) Kupang dengan Pemerintah Daerah Kabupaten Alor meliputi penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Profesi Guru (PPG) dan Stratum Satu (S1) Pendidikan Agama Kristen (PAK) di Kabupaten Alor Provinsi Nusa Tenggara Timur oleh STAKN Kupang. Perjanjian kerja sama ini diresmikan melalui surat perjanjian kerja sama Nomor: Stk.07/1b/KS 01.1/1241/2014 dan Nomor: BU.HMS.062/77/2014 di tandatangani oleh Ketua STAKN Kupang, Harun Y. Natonis, S.Pd, M.Si sebagai Pihak Pertama dan Bupati Kabupaten Alor, Drs. Amon Djobo sebagai Pihak Kedua pada hari Rabu, 13 Agustus 2014.
12. Kerjasama STAKN Kupang – UNDANA
Penandatanganan MOU dengan Univ. Nusa Cendana
Kerjasama kedua pihak dalam bidang Pendidikan diresmikan melalui Nota Kesepahaman No: Stk.07/1b/KS.01.1/274/2014, No 1396/UN15/KL/2014 yang ditandatangani oleh Rektor Undana, Prof. Ir. Frederik L. Benu, M.SI.,Ph.D dan Ketua STAKN Kupang, Harun Y. Natonis, S.Pd., M.Si pada tanggal 6 Februari 2014.
13. Kerjasama STAKN Kupang – GMIT (Gereja Masehi Injili di Timor)
Kerjasama tentang perbantuan tenaga pendeta sebagai tenaga dosen pada STAKN Kupang diresmikan melalui Surat Perjanjian Kerjasama No Stk.07/1/KS.01.1/1523/2013, No 540/GMIT/I/I/2013 yang ditandatangani oleh Harun Y. Natonis, S.Pd., M.Si sebagai Ketua STAKN Kupang dan Pdt. Robert S. Litelnoni, S.Th sebagai Ketua Sinode GMIT serta Pdt. Benjamin Nara Lulu, M.Th sebagai Sekretaris Sinode GMIT.
14. Kerjasama STAKN Kupang – Universitas Hindu Iindonesia Denpasar – Bali
Perjanjian kerjasama ini resmi ditandatangani oleh Ketua STAKN Kupang Harun Y. Natonis, S.Pd, M.Si dan Rektor Universitas Hindu Iindonesia Denpasar – Bali Dr. Ida Bagus Dharmika, MA. Naskah perjanjian kerja sama ini meliputi bidang pendidikan dan pengajaran, penelitian serta pengabdian pada masyarakat.
15. Kerjasama STAKN Kupang – IHDN Denpasar – Bali
Perjanjian kerja sama ini meliputi pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang resmi di tandatangani oleh Ketua STAKN Kupang Harun Y. Natonis, S.Pd, M.Si dan Rektor IHDN Denpasar – Bali Prof. Dr. Drs. I Nengah Duija, M.Si dalam naskah perjanjian kerjasama no. Ihn.01.1/Hm.01/1123/2014, no. Stk.07/1/KS01.1/803/2014 yang disaksikan langsung oleh Ibu Dirjen Bimas Kristen dan Bapak Dirjen Bimas Hindu.
16. Kerjasama STAKN Kupang – Pemkab Sumba Timur
Sekolah tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) Kupang bekerja sama dengan Pemerintah Kabupaten Sumba Timur diresmikan melalui surat Perjanjian Kerjasama No Stk.07/1b/KS 01.1/223/2014, No. 281/PPO.452.6/1.924/V/2014 yang ditandatangani oleh Ketua STAKN Kupang, Harun Y. Natonis, S.Pd, M.Si dan Bupati Sumba Timur Drs. Gidion Mbilijora, M.Si, kerjasama dimaksid untuk meningkatakan kualifikasi Guru dan Pendidikan Profesi Guru (PPG) bagi Guru non akta di Sumba Timur.