Jangan ragu kuliah program Doktoral Teologi (S3) di Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) Kupang. Saat ini, manajemen STAKN Kupang sementara mengisi borang untuk akreditasi.“kami yakin kalau kami bisa mendapat akreditasi untuk program doktor. Kami targetkan dalam tahun ini borang untuk akreditasi bisa dikirimkan dan tim akreditasi bisa melakukan visitasi. Lebih cepat lebih baik,” demikian yang dikatakan Ketua STAKN Kupang, Harun Y. Natonis, S.Pd, M.Si.
STAKN Kupang telah melakukan kerjasama dengan beberapa perguruan tinggi, antara lain; Universitas Nusa Cendana Kupang, Universitas Hindu Indonesia Bali dan Universitas Hindu Dharma Negeri Bali. Kerjasama ini mencakup bidang pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian masyarakat serta dukungan tenaga profesor dan doktor untuk mengajar pada program studi S2 dan S3.