Sekolah tinggi Agama Kristen Negeri Kupang, (STAKN Kupang) adalah Perguruan Tinggi yang diselenggarakan Kementerian Agama, berada dibawah dan bertanggungjawab kepada Menteri Agama. Pembinaan teknis STAKN Kupang dilakukan oleh Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen.
STAKN Kupang menjadi perguruan tinggi Kristen negeri di wilayah Nusa Tenggara dan Bali, menjadi LPTK Mitra peningkatan kualifikasi guru agama Kristen ke jenjang S1 di propinsi Nusa Tenggara Timur, menjadi LPTK Mitra yang mensertifikasikan guru agama Kristen di wilayah Nusa Tenggara dan Bali, memiliki tenaga pengajar dengan jenjang pendidikan S2 dan S3 baik dosen tetap maupun kontrak dengan yang profesional, terakreditasi oleh BAN-PT, memiliki program pasca sarjana magister pendidikan Kristen dengan dosen yang profesional dan fasilitas yang memadai, tersedia beasiswa bagi mahasiswa kurang mampu, mahasiswa berprestasi dan guru agama Kristen Protestan program S1.