Akhir tahun 2015 STAKN Kupang mendapat kepercayaan dari Kementerian Agama RI melalui Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen dengan surat bernomor: Dj.III/PP.00/1347/2015 tentang Penunjukkan STAKN Kupang untuk melaksanakan Peningkatan Kualifikasi Guru PAK yang belum memiliki kaulifikasi Stratum Satu (S1) di Kabupaten-Kabupaten di Nusa Tenggara Timur. Dan Surat Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Nomor. Dj.III/PP.00/1348/2015 tentang Peningkatan Kualifikasi Guru dan Pengawas Agama Kristen yang belum memiliki kualifikasi Stratum Dua (S2) di Kabupaten/Kota Provinsi Nusa Tenggara Timur dengan persetujuan Perjanjian Kesepakatan (MOU) dengan Bupati/Walikota sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Dengan demikian STAKN Kupang menjadi perguruan tinggi terdepan diwilayah Nusa Tenggara untuk melayani kebutuhan masyarakat akan pendidikan khususnya pendidikan Kristen.
Lampiran surat nomor: Dj.III/PP.00/1347/2015 dan Dj.III/PP.00/1348/2015