Kerjasama Sekolah Tinggi Agama Negeri (STAKN) Kupang dengan Pemerintah Daerah Kabupaten Alor meliputi penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Profesi Guru (PPG) dan Stratum Satu (S1) Pendidikan Agama Kristen (PAK) di Kabupaten Alor Provinsi Nusa Tenggara Timur oleh STAKN Kupang. Perjanjian kerja sama ini diresmikan melalui surat perjanjian kerja sama Nomor: Stk.07/1b/KS 01.1/1241/2014 dan Nomor: BU.HMS.062/77/2014 di tandatangani oleh Ketua STAKN Kupang, Harun Y. Natonis, S.Pd, M.Si sebagai Pihak Pertama dan Bupati Kabupaten Alor, Drs. Amon Djobo sebagai Pihak Kedua pada hari Rabu, 13 Agustus 2014.